Khi nói đến nguồn gốc của trống cajon, trên thế giới hiện vẫn đang có nhiều ý kiến bởi chưa có một bằng chứng cụ thể nào về nguồn gốc chính xác của loại nhạc cụ này. Một số người cho rằng trống cajon xuất phát từ Peru , người thì cho rằng những người nô lệ Châu Phi là người đã tạo ra “trống cajon” khi họ bị đày sang Nam Mỹ.

Những năm gần đây, loại nhạc cụ này đã trở nên quen thuộc với những ai yêu thích thể loại nhạc mộc Acoustic, nhưng cũng ít có ai biết rằng nguồn gốc chiếc trống cajon đến từ đâu. Nhưng dù sao đi nữa, cùng với thời gian, Cajon  đã phát triển như một nhạc cụ chính thống, và tồn tại cho đến ngày hôm nay với nhiều biến thể đa dạng. Trong quá trình phát triển lâu dài đó, có thể kể đến sự ảnh hưởng không nhỏ đến nền âm nhạc flamenco của đất nước bò tót khi chiếc cajon cajon flamenco đầu tiên ra đời.

Câu chuyện của chiếc trống flamenco cajon  đầu tiên bắt đầu từ hai nhân vật, đó là Paco de Lucia, một người chơi guitar Tây Ban Nha và bạn thân của ông, tay percussionist người Brazil, Rubem Dantas. Vào khoảng thập niên 70, khi Paco de Lucia và bạn ông trong một chuyến biểu diễn tại Peru, tình cờ được người dân tại đây giới thiệu một nhạc cụ hình hộp chữ nhật mang tên “Cajon” . Lúc ấy cả hai người đều thích âm thanh của “chiếc hộp” đặc biệt này. Sau đó thích thú mang một vài cái về Tây Ban Nha giới thiệu cho những người bạn chơi nhạc flamenco. Từ đó, Paco đã nghĩ ra sáng kiến đặt dây đàn guitar bên trong mặt trước cajon để tạo âm, và kết quả chính là một hiệu ứng âm thanh hay cũng chính là tiếng “snare” trên cajon mà chúng ta hay nghe từ các loại “Cajon Flamenco” ngày nay. Chính ý tưởng này đã tạo nên một cuộc cách mạng, lột xác cho Cajon truyền thống trở thành “Cajon Flamenco” ngày nay. Paco đã nghĩ ra việc chạy dây đàn guitar lên phía  sau của mặt trước cajon và từ đây chiếc Cajon flamenco đầu tiên ra đời .Ngày nay các cơ chế dây khác nhau được áp dụng rất đa dạng trong Cajon Flamenco. Một số nhà sản xuất vẫn sử dụng dây đàn,  một số khác sử dụng dây snare kim loại hay thậm chí là chuông. Trên một số mô hình Cajon Flamenco khác, các dây snare còn có thể điều chỉnh theo ý người chơi; tùy theo nhà sản xuất khác nhau mà các cơ chế sẽ được thiết kế khác nhau.Một trong những nhà sản xuất đầu tiên bắt đầu xây dựng cajon flamenco với số lượng lớn ở Tây Ban Nha là Mario Cortez. Sau đó, ông bắt đầu cộng tác với hãng percussion nổi tiếng LP(Latin Percussion.Trong ban nhạc Flamenco, đôi khi Cajon được chơi bởi các ca sĩ.

Nhưng ngày nay, đa số các ban nhạc sẽ có nhạc công chuyên dụng để chơi loại nhạc cụ này.Sự ra đời của dây snare trong cajon flamenco khiến nó ngày càng trở nên hoàn thiện và đa dạng hơn, nhiều âm thanh hơn và cũng từ đó cho phép cajon  hòa vào nhiều phong cách âm nhạc khác nhau.Ngày nay, cajon hay được ví von như một bộ trống jazz thu gọn. Với các kỹ thuật sử dung tay khác nhau để tạo ra các âmkhác nhau sẽ cho ra tiếng tương tự như một dàn trống jazz thật sự.